Hayao Miyazaki, director de cine de animación, mangaka, animador, ilustrador, productor y guionista, y Isao Takahata, director de cine japonés, se conocieron durante la década de los años sesenta cuando trabajaban juntos en Tôei Dôga, un estudio de animación japonés, pero no fue hasta los años 80 que decidieron crear su propio largometraje, a quien se sumó al equipo el productor de películas de animación, Toshio Suzuki.

En 1984 lanzaron bajo el nombre de Tokuma Shoten la película de Nausicaä del Valle del Viento, historia de fantasía post-apocalíptica basada en un manga publicado en 1982 por Miyazaki para la revista Tokuma Shoten.
Debido al éxito que tuvo, el equipo decidió fundar su propio estudio de animación el 15 de junio de 1985.

Durante su larga trayectoria, la compañía ha tenido diversas etapas. Entre 1999 y 2005, Tokuma Shoten fue la empresa matriz y Studio Ghibli actuaba como marca subsidiaria de esta. A partir del 2005, comenzó su periodo independiente hasta 2023, cuando Nippon Television (NTV) adquirió gran parte de las acciones de la compañía. A partir de este cambio, Toshio Suzuki se convirtió en el presidente de la empresa y Miyazaki pasó a ser presidente honorario.

Este estudio es muy fiel a sus obras y es conocido por su política estricta de los “no cambios” de sus producciones en el extranjero. Esta se implementó por primera vez cuando su película Nausicaä del Valle del Viento (1984) fue acortada y reescrita, cambiando incluso el título para que fuera más comercial a Guerreros del viento.
Cuando el co-presidente de Miramax, empresa dedicada a la producción y distribución de películas, sugirió recortar la película de La princesa Mononoke (1997), para que no sucediera como con su primer largometraje, Toshio Suzuki le envió una katana auténtica con el mensaje “Sin cortes” para que quedara clara la postura del estudio.

Hayao Miyazaki fue anunciando su jubilación desde 1997, año en el que después del estreno de La princesa Mononoke se retiró un tiempo. Salió a su retiro en 2001 para estrenar El viaje de Chihiro, para, posteriormente, volver a retirarse una temporada.
El motivo de sus retiradas de la dirección de largometrajes es debido a su edad, ya que es sumada a la gran presión y al largo tiempo que le requiere producir sus largometrajes.

No fue hasta el 3 de agosto de 2014 que Studio Ghibli detuvo su actividad temporalmente durante un largo periodo debido al tercer retiro de Miyazaki de su puesto directivo en septiembre del 2013, ya que su salida, al ser uno de sus cofundadores, supuso un golpe duro para la compañía. También esta decisión de pausa se vió fomentada por la recepción de taquilla no muy favorable de la última película dirigida por Takahata, El cuento de la princesa Kaguya (2013), aun recibir buenas críticas y algunos premios.
Quedó demostrado que Studio Ghibli era un estudio donde Miyazaki debía de producir sus películas.
Durante este periodo de pausa, no se encontró la fórmula para producir películas rentables que siguieran los principios del estudio, puesto que hasta su regreso, no se lanzaron grandes producciones.

En 2017, a pesar de ser supuestamente la retirada final de Miyazaki, regresó al estudio para volver a trabajar en un nuevo proyecto, ya que tenía la necesidad de hacer una película para su nieto que terminó siendo autobiográfica, El niño y la garza (2023).
Y es que, independientemente de su edad, tras el lanzamiento de la película, Miyazaki mencionó volver a sentirse muy emocionado y con grandes ideas para próximas películas.